En 1972, había cierto estudiante llamado Misaki en la escuela Yomiyama, en la clase 3-3. Misaki era muy popular entre sus compañeros, y también los maestros tenían afecto por este, así que cuando murió repentinamente a causa de un incendio, la clase 3-3 decidió continuar actuando como si estuviese vivo. Sin embargo, cuando fueron a tomar la foto de la graduación había un miembro de más en ella, en la imagen vieron a alguien que no debería estar ahí - "Misaki".
En la primavera de 1998, noveno año del estudiante Kōichi Sakakibara, se traslada de Tokio a Yomiyama, la ciudad natal de su madre, porque su padre había ido a trabajar en una investigacion de la India. Su traslado fue a la escuela Yomiyama a la clase 3-3. A causa de un neumotórax Kōichi tuvo que ser hospitalizado justo cuando comenzaron las clases. Durante su hospitalización los representantes de la clase: Tomohiko Kazami, Izumi Akazawa y Yukari Sakuragi le hicieron una visita. Antes de recibir el alta, Kōichi conoce a una chica en el ascensor, la cual lleva el mismo uniforme de su escuela y un parche en el ojo. Ella va al sótano del hospital donde está ubicado el depósito de cadáveres, diciendo que tiene que entregar algo a su "otra mitad". Su nombre: Mei Misaki.
Kōichi finalmente llega a asistir a las clases y trata de adaptarse, pero no puede dejar de notar el extraño comportamiento de sus compañeros. Mei, la chica que conoció en el hospital pertenece a la misma clase, pero la mesa que utiliza es bastante más vieja y diferente al del resto la clase. Ella siempre está sola y nadie parece preocuparse por su presencia o tratar de hablar con ella. Inicialmente, Kōichi cree que es un caso de acoso escolar, pero se da cuenta de que incluso los empleados y profesores de la escuela actúan de la misma manera. El ambiente algo aterrador en su nueva clase, parece tener un oscuro secreto que ninguno de sus compañeros de clase quiere hablar. En el centro de esto parece encontrarse la misteriosa Mei Misaki.
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